明朝建立以后,道教承宋元旧制,分为正一、全真两大派系,官方发给不同的度牒。明朝皇室因鉴于世居龙虎山张陵后裔在道教中的影响,一方面肯定了元代授正一道教主的地位,但又革除“天师”称号,改授为正一嗣教真人。在明代皇帝中,特别崇奉道教的明世宗(朱厚熜1522—1566年在位),他自号“玄都境万寿帝君”,躬亲礼斋,许多道事士被授予“少保”、“礼部尚书”等官衔,参与朝政。明代历世还在京师设置道箓司,在各府设置道正司,在各县设置道会司,将道教事务列入朝廷行政管理的范围。
明朝正一道的政治地位居道教各派之首。早在1361年朱元璋攻占南昌时,正一道第42代天师张正常就曾谴使拜谒,密告“符命”,与朱氏接上关系。明朝开国后,张正常于洪武元年(1368年)入朝礼贺,明太祖封他为正一嗣教真人,赐银印,秩视二品。洪武五年,又敕令张氏永掌天下道教事。从此正一天师便上升为道教各派首领,其地位较元代正一天师统领江南道教更高。张正常以擅长符水治病术闻名,羽化于洪武十年(1377年)。其子张宇初嗣位后,袭封正一嗣教大真人,领道教事。此后明朝历代天师皆沿例袭封大真人,掌管天下道教。张宇初博学能文,撰有《道门十规》。该书吸收全真道性命双修及严守清规戒律之宗旨,指出道士应遵守的10条戒律,以之推广于道教各派,意图整顿道教。他还撰有诗文集《岘泉集》,对道教思想宗旨及修持方法多所发挥,堪称宋元以来最有学识的正一天师。张宇初还曾奉敕设醮建斋,重建龙虎山上清宫。
明太祖认为禅宗与全真道“以修身养性,独为自己而习”,无助于伦理教化,故重视正一而贬抑全真。因此全真道在明代政治地位下降,教团发展受限制,其势力远不及金元时代。
全真道自元代以来,七真门下各自开派,形成7个支派。其中丘处机所开龙门派势力最强。该派传至明代,出现以戒律密传的“龙门律宗”。此宗以丘处机门人赵道坚为第一代律师,赵传张德纯,张传陈通微,陈传周玄朴。周玄朴是龙门第四代律师,受法于洪武丁卯(1387年)。周玄朴后传于张静定、沈静圆,龙门律宗此后分作张、沈二支流衍。
明世宗时,有龙门第4代弟子孙玄清(1517——1569年),得山东崂山李显陀、铁查山通源子及斗篷张真人之传,颇有道术。嘉靖三十七年(1558年)至京师白云观坐钵修炼,祈雨有验,诏赐“紫阳真人”之号。孙玄清门下形成“金山派”,亦称崂山派,属龙门支派。
明代著名的道士还有张三丰、邵元节、陆西星等。其中最为有名的道士是张三丰。其人生卒年代不详,曾在湖北武当山(一名太和山)修道,后离武当山隐居。太祖、成祖均曾谴使寻觅,不遇,乃营修武当宫观。道教从而有南派之武当道,据《诸真宗派总簿》载,武当道派有自然派、三丰派等传衍近代。明英宗天顺三年(1459年),张三丰被封为“通微显化真人”。
邵元节(1459——1539),字仲康,号雪崖,江西贵溪(一说安仁,即今江西余江)人。 居龙虎山上清宫。师事范文泰、李伯芳、黄太初。不应宁王朱宸濠之召,放浪形骸于江湖间。明世宗嘉靖三年(1524)征之入京,召对便殿,颇得世宗赏识,达十五年之久。邵元节虽位极人臣,但他谨小慎微,很少干预朝政,专心祷祀。著有《太和文集》。
陆西星(1520——1606)为明代内丹东派开创者。字长庚,号潜虚子。扬州兴化(今属江苏)人。擅文词,兼工书画。因屡试不中,乃弃儒入道,入山隐居。自称得吕洞宾真传,著书立说,阐发内丹之旨,遂开内丹东派,被后世道士尊为内丹东派之祖。著有《方壶外史》八卷,包括经典注释及丹法十五种,《南华附墨》八卷。近现代一些学者考证,著名神怪小说《封神演义》的原作者实为陆西星。
在明代,还可以值得一提的是明永乐四年(1406年)成祖敕令第四十三代天师张宇初纂修《道藏》。正统九年(1444年)英宗继承成祖之志,诏通妙真人邵以正督校《道藏》,次年(1445年)编成《正统道藏》5305年卷,凡480函。至万历三十五年(1607年),第五十代天师张国祥奉命续补《道藏》,凡32函,180卷,名《万历续道藏》。与《正统道藏》合计共5485卷,512函,即现存之明版《道藏》。成为道教史上现存最完备和最重要的经籍总集。