清微派为符箓三宗分衍的支派之一。形成于南宋，流传于元至明初，清初间有传承。
清微派称该派传自元始天尊。陈采《清微仙谱》序云：“其传始于元始，二之为玉晨（大道君）与老君，又再一传，衍而为真元、太华、关令、正一之四派。十传至昭凝祖元君（名舒），又复合于一。继是八传，至混隐真人南公（名毕道）。公学极天人，仕宋为显官，遇保一真人（陈少微）授以至道。遂役鬼神，致雷雨，动天使，陟仙曹。晚见雷渊黄先生（黄舜申），奇之，悉以其书传焉。”
祖舒是该派所尊奉的祖师。元赵道一《历世真仙体道通鉴续编》卷五《祖元君传》云：“祖舒，又名遂道，字昉仲，唐广西零陵永川祈阳县人。……九月九日生。寿一百三十二岁。遍游名山，师事许真君（许逊）、郑真人（郑隐）、灵光圣母，……遇太玄夫人降于溪滨，又从而师之。乃授以元始大道。……由是会四派而一之。职位清微元上侍宸。复化身为清微察令昭化无君，又号通化一辉元君，统辖雷霆，变相不一。……功成冲举，居金阙昭凝宫，主清微洞照府。”
黄舜申既是清微派的组成者，又是清微法理论的集大成者。陈采《清微仙谱》序云：黄舜申“覃思著述，阐扬宗旨，而其书始大备。”张宇初《道门十规》也称：“清微自魏（华存）、祖（舒）二师而下，则有朱（洞元）、李（少微）、南（毕道）、黄（舜申）诸师，传衍犹盛。凡符章经道斋法雷法之文，率多黄师（舜申）所衍。”《正统道藏》中所存的清微道法著作，如《清微元降大法》《清微神烈秘法》《清微斋法》《清微丹法》《清微玄枢奏告仪》等，盖皆出于黄舜申及其门人之手。
清微派亦以行雷法为事，其雷法理论，亦类于神霄派。仍主天人合一，内（炼）外（法）结合，而以内炼为基础。强调诚于中，方能感于天；修于内，方能发于外。
清微派在南宋形成之后，至元代，取得很大发展，名目甚多。郑所南《太极祭炼内法序》：“正一法外，别有清微法雷，名逾数百。”元代清微派，仍以黄舜申一系所传最盛，他的弟子分为两支向南、北发展，一支以福建建宁为中心，传行于南，一支以武当山为中心，传行于北，从而使清微道法很快传播于大江南北。南传一系为黄舜申弟子西山熊道辉（号真息），道辉传安城彭汝励（或作砺），汝励传安福曾贵宽（号尘外），贵宽传浚仪赵宜真（号原阳）。因未见熊道辉、彭汝励、曾贵宽等人的传记和其他资料，唯知赵宜真活动于元末明初，故此系在元代的发展情况不详。北传一系的主要传人是黄舜申弟子张道贵，其主要特点是全真道士兼传清微法。
张道贵先为全真道士汪真常的门徒，《武当山志》载，张道贵，名云岩，号雷翁，长沙（今属湖南）人。至元（1264～1294）间入武当，礼汪真常为师。随后又“同（叶）云莱、洞阳（刘道明）谒雷渊黄真人（黄舜申）得先天之道。归五龙宫，潜行利济，门下嗣法者二百余人。行其奥旨，唯张洞渊（张永清）焉，终于自然庵。”可见张道贵是兼传全真与清微的道士。
叶云莱与刘道明也是黄舜申弟子，同样是兼传全真和清微的道士。张、叶、刘等人下传张守清，清微法由此更盛。由于张守清在当时颇有名望，所传弟子又多，故被后世清微派北系道士尊为一代祖师，《清微神烈秘法》所列“师派”，在黄舜申之后，即列：叶云莱、张道贵、张守清，张守一。
张守清弟子最著者有张悌、黄明佑、彭通微、单道安等。从他们开始，清微派的传法即由元入明。张悌，字信甫，号无为子。浙江象山人。奉亲能备孝养，早从方士学。既壮，出游南粤北燕，后止武当，师张守清。守清启以道要，署为首众。三年而化。黄明佑，字太霞，潭州（今湖南长沙市）人。
至元末，清微派著名传人为赵宜真（？～1382）。宜真，号原阳子。其先浚仪（今河南开封）人，元时徙安福（今属江西）。早业儒，后入道。初师清微派道士曾贵宽（号尘外，黄舜申嫡传），嗣清微法；继师道教南宗和全真道士，得南、北派内丹之学；又师徐异，得净明忠孝之道。师承多途，所传亦杂，但他对上述诸派的理论多有所阐扬。如他曾据师传，再补以他书，对清微雷法、斋法，加以整理，疏解，并对其理论加以阐发，作《玉宸登斋内旨》《玉宸经法炼度内旨》等篇。强调道为体，法为用，道与法皆具于我心。心地诚明，就能通天感神，“天人合德，此感彼应”。由于赵宜真对清微道法多所阐扬，故后世清微派南系道士奉之为一代祖师。如《道法会元》卷三十二《上清龙天通明炼度大法》和卷四十六《上清神烈飞捷五雷大法》等中，皆在黄舜申之后，列熊道辉、彭汝砺、曾贵宽、赵宜真。
赵宜真所传弟子中，以刘渊然为最著。刘渊然（被净明道尊为第六祖）传邵以正，邵以正传喻道纯、胡守法。刘、邵、喻、胡诸人皆是明代有名道士。刘渊然在永乐间受命任道录司左正一，仁宗朝被封为“冲虚至道玄妙无为光范演教长春真人”，宣德初，进大真人，领天下道教事；邵以正在正统中迁道录司左正一，领京师道教事。景泰间，赐号“悟玄养素凝神冲默阐微振法通妙真人”。
《东岳庙志》之“灵济先祠神牌表”，列有明代清微派的历代祖师，为：故始祖南京朝天宫道录司右玄义禹贵黉，称为“明朝清微派第一代”。其下有“皇清羽化清微派第四代”刘守谊，第五代都全皊、李全安、朱全皊，直至第十五代庞源本等。